在紧张刺激的“60天更新”计划圆满落幕之后，《绝地潜兵2》的剧情迎来了新的高潮。英勇的潜兵们不负众望，凭借出色的战术配合和坚韧不拔的精神，成功击败了又一个主要敌对组织，为游戏的剧情发展书写了浓墨重彩的一笔。
游戏中提到：“我们勇敢的外星昆虫学家已成功进行了首次标本收集，并报告在 E-710 的提取和利用方面取得了显著进展。”此外，最高指挥部表示从过去终结族农场的失败中“吸取了教训”，因此“终结族的种群数量始终受到 SEAF 的监控，并且在地面和地下均被电围栏包围。若发生(虽然不太可能)收容区突破事件，核轰炸将会自动启动。”
正因如此，剧情中超级地球的最高指挥部认为，使用核武器消灭整个物种并不是“保护”任何事物的最佳方案，因此提出了“暴政公园”计划。该公园将对“富有冒险精神和高收入的公民”开放，允许他们近距离观察这些生物(即终结族的虫子)。最高指挥部表示：“这项令人兴奋的冒险不仅有助于资助未来的研究，还能加深公民对暴政恐怖的理解。”
《绝地潜兵 2》拥有独特的任务系统，其中融合了故意混淆现实概念的最高指令。除了在玩家完成任务后提供游戏内奖励外，开发商 Arrowhead 还巧妙地利用这一系统来推动游戏剧情的发展。这种设计不仅增加了任务的趣味性，还让玩家在执行任务时能够感受到更深层次的故事体验。
