随着《神鬼寓言》重启版消息的公布，系列原作的一些过往争议再度被提及。2016年，外媒GameSpot曾披露，微软当年拒绝了开发商狮头工作室将黑人女性作为《神鬼寓言3》封面的提议。
这一事件发生在2010年《神鬼寓言3》开发末期及宣传阶段。狮头工作室前美术总监McCormack回忆，微软当时明确表示封面“不能是黑人，也不能是女性”，坚持使用白人形象。McCormack对此强烈反对，认为游戏允许玩家成为自己想扮演的英雄，封面应体现这一精神，但微软以“知道什么能卖座”为由拒绝了提议，并引用迪士尼电影《公主与青蛙》作为市场接受度的例子。
McCormack指出，微软最终采用的封面是一位传统白人男性英雄持剑的形象，这完全“误解了”游戏的核心。他强调《神鬼寓言3》是首批包含同性婚姻的游戏之一，旨在打破界限，融合趣味与成熟主题，而微软的决策却显得保守且脱离游戏本意。
尽管多数参与《神鬼寓言2》的开发者对与微软的合作表示满意，认为微软尊重系列的英式幽默风格，但McCormack仍因创意分歧感到沮丧。他于2012年离开狮头，部分原因正是微软否决了他提出的“更黑暗、更残酷”的《神鬼寓言4》方案。
2016年4月，微软关闭了狮头工作室。据悉，微软曾收到多家公司对狮头及《神鬼寓言》系列的收购要约，但均予以拒绝。
